Una montaña de problemas. Vista general del Jardín Botánico sobre la montaña y al borde del mar
La parálisis (2000-2006)
El corte presupuestario a finales de 1999 provocó el final de muchas exquisiteces tropicales. En el 2000, la montaña se dejó con un mínimo de irrigación instalada, y consecuentemente muchas plantas se perdieron por sequía o negligencia. Fue entonces cuando decidimos retirar la mayor parte de las herbáceas en viveros que permitieran un control más sencillo. Cientos de las más jóvenes murieron, y perdimos saludables especimenes de Verschaffeltia, Nypa, Marojejya, Roscheria, así como también la rara Attalea crassispatha, Carpoxylon y la recientemente descubierta Coccothrinax boschiana.
Después del paro de las obras, se llevaron a cabo dos breves sesiones de plantaciones intensivas, en 2000 y en 2002. Con poco dinero y gran esfuerzo, se ajardinaron 13.000 m2 más. En estas dos ocasiones, Morici dirigió la creación de las nuevas secciones para las palmeras de las Islas del Pacífico, contando con la mano de obra proporcionada por el ayuntamiento y por el Instituto Canario de Formación y Empleo. De mediados de 2002 hasta todo el 2006 no sucedió nada relevante pero volvieron largas épocas de descuido y se fueron perdiendo más especies. El parque cerrado no contó con dirección técnica de ningún tipo y las aportaciones de nuevas semillas fueron pocas. Por otra parte, el medio se fue volviendo progresivamente más apropiado para las palmeras y árboles, y muchas de las especies que habían logrado resistir duramente los años difíciles comenzaron a crecer más rápidamente. Con el pasar de los años, las palmeras plantadas de semilla dieron excelentes resultados, siendo hoy tan altas y fuertes como las que se plantaron importadas como especimenes adultos. Durante esos años de parálisis, cambió el paisaje alrededor del Palmetum ya que la ciudad creció rápidamente como las palmeras y literalmente llegó hasta la montaña. El Palmetum quedó, por tanto, emplazado estratégicamente entre el océano y un nuevo centro de la ciudad, caracterizado por dos grandes y extravagantes edificios diseñados por el Arquitecto español Santiago Calatrava: el Auditorio y el Recinto Ferial.