El área del actual jardín botánico, era en épocas anteriores un campo de tiro. El permiso del jardín fue concedido por el ministerio de ciencia en Stuttgart en 1981. Entre 1980/1981, con la excavación del área del centro clínico, fueron modelados y dispuestos topograficamente unos 150.000 m³. En 1986 se erigieron las primeras edificaciones. El arboretum fue puesto a punto en tres etapas, desde 1992 hasta 1994.
En 1997 se edificaron dos casas tropicales y otras extensiones fueron añadidas. Las plantaciones del jardín de la granja se efectuaron entre 1999 y el 2000, el cual siguió a una rosaleda de 1998.
En el 2001 fruto de la cooperación con la firma farmacéutica Ratiopharm se acondicionó el "nuevo jardín del farmacéutico".
Entre el 2001 y el 2002 se crearon los edificios de la administración y recepción.
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El "nuevo jardín del farmacéutico" del "Botanischer Garten Ulm"